臺灣微化石研究始自日治時期的地質調查工作。1899年小藤文次郎與德永重康採集北臺灣地層所產化石，送交英國學者Newton和Holland研究，於1900年發表石灰岩中顯微玻片之化石鑑定，辨識出有孔蟲屬種包括Lepidocyclina verbeeki , Gypsina , Miliolina , Pulvinulina , Globigerina等，為臺灣微化石研究最早見諸文獻者。

隨著日治時期地質調查工作逐步遍及全臺，大型有孔蟲以其較易於保存鑑定特徵，成為主要研究對象，對於地層年代的判定提供重要依據。1945年之後，中央地質調查所與中油探採研究所相繼成立，小型有孔蟲和鈣質超微化石的運用陸續展開，臺灣島的前世與今生有了更多的了解。