澎湖1號是一件人類右側下顎骨化石，我們稱之為澎湖原人，是由漁民在臺灣海峽澎湖水道進行底拖作業時所撈起，化石的保存狀態良好，牙齒粗大、下顎骨體厚實，是臺灣首度發現最古老的人類化石。

2015年，本館研究人員張鈞翔與日本學者海部陽介所籌組的研究團隊合作，透過形態學分析，推測這件標本展現出不同於典型亞洲直立人的粗壯與原始特徵，他具有大臼齒、齒根異常分枝、缺乏下頷前突（即無下巴），顯示可能是更新世亞洲尚未揭露的古人類譜系之一。澎湖原人化石來自海底，沒有明確的地層位置，然而從冰河時期臺灣海峽形成陸地的年代推估，澎湖原人的生存年代可能為距今19至13萬年或7至1萬年之間。然而，關於澎湖原人的「真實身分」，因缺乏古DNA與分子遺傳證據，科學界始終沒有定論。

2025年，一項震撼全球古人類學界的研究發表在《Science》期刊（A male Denisovan mandible from Pleistocene Taiwan）。張鈞翔與海部陽介，延續10年前澎湖原人的研究，後續有臺灣大學副教授蔡政修與日本綜合研究大學院大學的蔦谷匠和澤藤りかい等新世代學者加入研究，並與丹麥哥本哈根大學人類遺傳實驗室共同合作，透過「古蛋白質體學」，從牙齒中的51種「內源性蛋白」獲得 4241 條氨基酸殘基.

結果顯示：

• 澎湖原人是一位男性個體！證據來自他具有男性特有的 Y 型齒釉蛋白 (AMELY)
• 澎湖原人的蛋白質序列與西伯利亞的丹尼索瓦人高度吻合，且與尼安德塔人為姊妹群，兩個人種約在 40 萬年前分家。
• 這是首次在東亞島嶼──臺灣，發現具有分子證據的丹尼索瓦人化石。
• 丹尼索瓦人的分佈廣泛，從寒冷的西伯利亞、高海拔青藏高原，到南方島嶼，顯示此古人類能適應多種氣候與地形，包括臺灣的亞熱帶環境。
• 丹尼索瓦人在現代東南亞、南亞族群基因中有重大影響。在亞洲人、大洋洲人的體內都滲有丹尼索瓦人的 DNA。

「古蛋白質體學」（palaeoproteomics）乃在於鑑定存在於各種古代生物中的內源性蛋白質，例如古生物化石、考古遺骸或博物館的典藏標本，並從中回溯與重建古代生物的生活樣貌。古蛋白質的研究始於1950年代，而在2010年後，隨著尖端質譜技術的應用以及基因組資料的累積，使得科學家能更精確且全面地解析存在於古代材料中的蛋白質殘基。

古蛋白質組學的應用範圍廣泛，包括重建已滅絕動物的演化親緣關係、判定骨骸的性別、重建古人類的飲食習慣與食物文化，甚至可以探究古代人類的疾病與傳播。